二是指挥失当说，另有学者认为，“无敌舰队”的惨败是由于西班牙国王用人不当造成的。1588年4月25日，腓力二世在里斯本大教堂举行授旗仪式，任命大贵族西顿尼亚公爵为舰队总司令，率领舰队远征。西顿尼亚出身于名门望族，在贵族中有较高威望，深得国王信赖，所以被任命为舰队统帅。
但是他本来是一名陆将，根本不懂海战，对指挥庞大的舰队在海上作战毫无经验，而且晕船。对这项任命他始料不及，根本没有任何思想准备和信心指挥这场战争。他也曾要求腓力二世另请高明，但未被获准。试想，这样的将领指挥海战，焉有不败之理?
西班牙无敌舰队之谜还有一种说法是天灾说，他们认为“无敌舰队”遇上了天灾，而不是人祸。它首先遇到的对手，是可怕而又无法战胜的大西洋狂风巨浪，这是进军时机选择不当造成的。在“无敌舰队”起航不久即遇到大西洋风暴的袭击，许多船只被毁坏，淡水从仓促制成的木桶中漏出，食物大量腐烂变质，水手们疲惫不堪，大多数步兵也因为晕船而失去战斗力。“无敌舰队”还没有与英国交战先折兵，战斗力大大受到削弱。
不得已，西顿尼亚带着这样一支失去战斗力的舰队与英军开战，从而导致厄运的发生。回国时，在苏格兰北部海域，再次遇到大风暴，一些舰船又被海浪吞噬或触礁沉没。至此，“无敌舰队”几乎已全军覆没。虽然“不以成败论英雄”，但胜者为王，败者为寇。看来，“无敌舰队”覆亡的原因值得所有的军事家深思。西班牙无敌舰队之谜，至今没有确切的答案。
