有人认为，它是一座地下庙宇。在这座地下建筑中，有一个奇妙的石室，人们称之为“神谕室”。由于设计独特，石室内产生了一种神奇的传声效果，石室又被称为“回声室”。这个石室有一堵墙壁被削去一块，后面有一间状似壁龛、仅容一个人的石室。一个人在里面讲话，声音可以传遍整个石室，而且一点儿也不失真。在石室靠近顶处，沿四周墙壁凿了一道壁，人的声音就顺着这条壁向四处传播，设计人显然明白这样设计能产生特殊的传声效果。
然而，马耳他大地窖之谜真的就是一座地下庙宇吗?事实并非如此简单。越往地下深层发掘，考古学家发现它越不像是庙宇所在。尤其是在一个宽度不足12米的小石室里，竟然发现埋藏有7000具骸骨，恐怕不能仅仅用宗教用途来解释。骸骨不是一具具完整的尸骨，因为那么狭小的地方根本容不下那么多尸体。室内骨骼散落，表明是从其他地方移葬过来的，这种埋葬方式，在原始民族中非常普遍。
根据挖掘出来的牛角、鹿角、凿子、楔子、两把石槌以及做精工细活用的燧石和黑曜石判断，再根据其建筑风格推测，此地下建筑约建于公元前2400年前后，当时岛上正处在石器时代。那么，这座地下庙宇到底是供人祭祀之地，还是供死者安息之地呢?岛上居民什么时候把骸骨放到这个地方来的，没有人知道。
也许，这是一座仿效地上建筑而建的一座地下庙宇，也许它就是死者的安息之地。随着历史车轮的滚滚向前，一切都将尘封在历史的记忆之中，马耳他大地窖之谜将永远是一个未解之谜。
