从现代医学来看，给小儿的颅骨动这样的手术不是没有危险，改变脑颅的自然形状会导致慢性头疼，还会对一个人的心理和生理的发展留下严重的后患。那古印第安人长头谜到底是图什么呢?有些研究人员提出他们的看法，认为人们是想通过改变头形来对大脑皮层的各个区域施加影响，以此方式来达到心理和生理的平稳变化。然而这种神经生理学观点只会把问题变得复杂化。人们不禁要问：古人又是从哪里知道可以这样对大脑施加影响呢?他们到底想从心理和生理上有何改变?
颅骨被抻长是事实，但这绝不是帕拉卡斯大墓地的惟一奥秘。另一个现象也很奇怪，那就是很大一部分颅骨都带有环锯术的痕迹，帕拉卡斯有一半的颅骨都留下手术的印痕，有的还不是一次，有做了5次的，这几乎是疯狂的举动。当然，也可以认为这是战士在战斗中曾多次受伤，才不得不一次次做手术，因为古时候打仗用得最多的武器是槌和大棒。
然而，从墓中随葬物品来看，帕拉卡斯文化代表还远不是尚武的人。于是有些研究人员提出了又一个颇具匠心的理论：半岛上有专门的医疗中心，那里的医生掌握环锯术技术，他们能治愈像癫痫这样的疾病，所以秘鲁国内的病人都跑这里看病来了，其实全然不是这么回事。
我们上面已经说过，帕拉卡斯的墓葬中反映出来的葬仪全都一致，说明这里没埋有外人。除此之外，如果医疗中心之说成立，那墓地里也应该埋有那些手术失败的病人才是，可实际上并不是那么回事。古生物学家完全可以从遗骨中看出病人经过环锯术后是否活了下来。如果手术成功，颅骨上的窟窿会逐渐合口，长出一层再生的骨组织。如果颅骨上没有愈合痕迹，则说明病人是在手术中或以后不久死去。在帕拉卡斯，颅骨上带手术顺利印痕的要占80%以上，古印第安人长头谜至今都是未解之谜。
