可更大的震惊还在后面。翻开《永乐大典》，专家们发现，现存所有《永乐大典》有一些共同的特征：从纸张看，这些《永乐大典》用的是嘉靖时期的皮纸，也叫白棉纸，而且，书后都注明了重录总校官、分校官、写书官及圈点人姓名。可以推断，这些《永乐大典》全部出自明朝嘉靖时期!不仅保留在中国的《永乐大典》如此，专家们还发现，目前全世界所能见到的都不是永乐年间编纂的。难道，有人用其他版本取代了正本，那么，正本永乐大典下落之谜去哪里了?
“早在康熙年间，人们见到的《永乐大典》就已经是副本了，且数量上已经不对了。”嘉靖副本也应如正本是11095册，可康熙年间的《永乐大典》副本，已经少了一千多册。雍正时，副本由皇史宬移至东交民巷翰林院收藏。乾隆纂修《四库全书》时，发现《永乐大典》只存9881册，又比康熙时少了一千册。
据清末民初著名学者缪荃孙的说法，翰林院的一些官员偷书伎俩极为巧妙。他们一般选择在冬天进行偷窃，早上进翰林院时随带棉袍一件，打成包袱，形状如两册《永乐大典》大小。晚上离开时，他们就把棉袄穿在身上，将两册《永乐大典》包入包袱里。看守人员见到他们早上曾带包袱而来，晚上带包袱而去，也就没起什么疑心。
据说，光绪年间翰林侍读文廷式，一人就盗走100多册《永乐大典》。文廷式死后，这些书又被其后人出售，卖给洋人或者古董商。就这样，《永乐大典》大量流失，下落不明。“至于康熙时期《永乐大典》副本为何少了近千册?可能是在收到皇史宬时出了问题，但这也只是推测，无从考证。”目前流散世界各地的《永乐大典》全都是副本已是共识。换句话说，11095册《永乐大典》正本已经彻底消失了!那么，它是什么时候，又是因为什么原因消失的?永乐大典下落之谜至今都是谜团。
