此后，方亨召集当地诸生百余人及乡绅、百姓会于文庙。众人表示现在江阴已尽归顺，应该没有大的事情了，方亨说：“只剩下剃发了。”众人道：“发可不剃吗?”方亨道：“这是大清律法，不可违背。”说罢就回衙了。诸生许用等人聚集不去，在明伦堂共同立誓道：“头可断，发决不可剃!我中国男儿岂可失身!!”。
正在这时，常州府发来严令剃发的文书，其中就有“留头不留发，留发不留头”的话。方亨叫书吏把府文写成布告张贴，书吏写到这句话时，义愤填膺，把笔扔到地上说：“就死也罢!”消息很快传遍全城，立刻鼎沸起来。方亨看到江阴士民不从，秘密报告常州府请上司派兵“多杀树威”。结果，这封密信被江阴百姓搜获，于是在闰六月初二日擒住方亨，斩杀清差，推陈明遇为首，以“大明中兴”为旗号，自称江阴义民，正式反清。
陈明遇却感到自己缺乏军事组织才能，在他推荐下江阴士民把乡居的原任典史阎应元迎接入城担负守城重任。江阴不过是一座小小的要塞，全城仅九万多人。被百姓们推举为守城统帅的阎应元既无在扬州抵抗清朝军队的一品大学士史可法的十万大军，又无在嘉定抵抗清朝军队的三品通政使侯峒曾的地位显赫，但他居然应全城百姓重托，担当起了九万平民百姓的指挥官。阎应元入城后，立即把全城的户口分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵分班上城，每个城垛十名，按时换班，分守四门。
在江阴被围困的八十一天当中。十万江阴百姓面对二十四万清军铁骑，两百多门红夷大炮，血战孤城，击毙清军七万五千余人，包括亲王三名，大将军十八名。最后城破，屠城，江阴百姓九万七千余人无一投降，男女老少纷纷与满人血战到底，力不能战者尽皆投井自尽，妇女多贞烈，投河而死。七岁孩童，毅然就义，无一人顺从。英勇悲壮，全城仅老幼53人藏于古塔中幸存。阎应元、陈明遇、冯厚敦被后世称为“江阴抗清三公”。
