到了奥斯曼帝国时期，水宫殿被废置，直至十六世纪中期，荷兰人无意发现了它，才使其重见天日。闻讯而来的考古学家们对宫殿进行了全面勘查，发现它大约建于公元4世纪左右，有可能是东罗马帝国的君士坦丁大帝定都于此后的建筑。殿中的大水涨落极有规律，一昼夜涨落6 次，每次都有准确的时间。更奇怪的是宫殿大门之下发现的一堆碎石，它似乎是控制着水涨水落的闸门。
在碎石底下是一排空心圆柱，似乎是引水管道。这座奇怪的建筑是干什么用的呢?有人说是罗马人的蓄水池。那么它为什么要建得如此华丽， 而且能够控制水位涨落呢?为什么大水高过门槛却漫不出来呢?它的工作原理又是什么?
从水宫殿入口拾级而下，好似进入了另一个世界。凭栏望去，一根根汉白色的石柱表面，留下了时光和流水雕琢的痕迹，氤氲的水汽和石柱底部散发出来的暖红色幽暗灯光，营造出了一种宁静而幽远，神秘而朦胧的氛围。往脚下望去，只见浅浅一汪水，却极清澈透明，鱼群穿梭往来，好似闲庭散步般悠闲自得，似乎它们才是这里真正的主人。
水宫殿之所以充满神秘色彩，还因为这里囚禁着的邪恶的神灵——蛇发女妖美杜莎，在希腊神话中，凡人只要与她对视，便会化作石像。在水宫的一侧，两个巨大的石柱下面压着女妖的头像。一个朝下，另一个则侧脸向下。究竟为何如此放置，就不得而知了。
